リソースの概要：カレム・リンチ（マイケル・ファスベンダー 饰）は死刑が執行される直前に目を覚まし、ソフィア（マリオン・コティヤール 饰）に選ばれ、人類が暴力衝動から解放されるための計画に参加することになる。仮想現実マシン Animus はユーザーが先祖の記憶を体験できるもので、マシンに縛られた後、カレム・リンチは自分がスペインの宗教裁判の時代に生きた暗殺者アゲラの子孫であることに気づく。彼らが探しているのは自由意志を制御できるエデンのリンゴである。ソフィアは父アレン（ジェレミー・アイアンズ 饰）の圧力の下、嫌々ながらカレム・リンチを過去に戻し、現代世界でのエデンのリンゴの行方を探させ、彼の身体的および精神的健康を脅かす。しかし、暗殺者の仲間ムサ（マイケル・ウィリアムズ 饰）がカレム・リンチに、アレンの動機が不純である可能性を示唆した後、カレム・リンチは自分の行動と動機を再考し始め、人類の自由意志の運命も不確定なものとなる……